Περιγραφή
Σκοπός του μαθήματος είναι η εισαγωγή των φοιτητών στο Λειτουργικό Σύστημα Linux και η κατανόηση των βασικών αρχών του Προγραμματισμού, με έμφαση στην PERL, TCL & R. Η παραγωγή ενός τεράστιου όγκου δεδομένων από τις σύγχρονες τεχνολογίες της i) Γονιδιωματικής, ii) Λειτουργικής Γονιδιωματικής, iii) Πρωτεομικής, iv) Μοριακών Προσομοιώσεων καθώς και από άλλες πηγές του χώρου των Βιοεπιστημών καθιστά πλέον απαραίτητη για τον σύγχρονο Βιοεπιστήμονα τη γνώση βασικών προγραμματιστικών εργαλείων, για την διαχείριση και ανάλυση αυτών των δεδομένων.
Το μάθημα χωρίζεται σε τρεις θεματικές ενότητες i) Εξοικείωση με το λειτουργικό σύστημα Linux και την γλώσσα προγραμματισμού TCL ii) Εξοικείωση με την γλώσσα προγραμματισμού PERL και iii) Εξοικείωση με την γλώσσα προγραμματισμού R. Η διδασκαλία θα πραγματοποιείται με τη μορφή τρίωρων εβδομαδιαίων διαλέξεων-εργαστηριακών ασκήσεων στο εργαστήριο υπολογιστών του νέου κτηρίου, όπου ταυτόχρονα θα γίνεται παράδοση της ύλης και ασκήσεις στους υπολογιστές. Θα υπάρχει δικαίωμα μίας απουσίας σε κάθε ενότητα.
Τρόποι αξιολόγησης / εξέτασης
Η επίδοση στο μάθημα θα αξιολογηθεί με την λύση προγραμματιστικών ασκήσεων (κατά τη διάρκεια της τρίωρης διάλεξης-εργαστηρίου) στο τέλος της κάθε μιας από τις τρεις ενότητες (δεν θα υπάρχει τελική εξέταση).
ΑΝΑΛΥΤΙΚΟ ΠΕΡΙΓΡΑΜΜΑ ΤΟΥ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ
1η ενότητα
• Εισαγωγή στο Linux (Δομή του συστήματος και βασικές εντολές).
• Εισαγωγή στον VI editor.
• Shell scripts & εγκατάσταση προγραμμάτων στο Linux.
• Εισαγωγή στην TCL.
• TCL & περιβάλλον VMD.
2η ενότητα
• Εισαγωγή στην γλώσσα προγραμματισμού PERL – Σύνταξη & Λογική της γλώσσας.
• Δομικά μπλοκ της Perl (Μεταβλητές και τελεστές), έλεγχος ροής προγράμματος, βρόγχοι (If - For - While).
• Στοίβες δομικών μπλοκ: Λίστες, Πίνακες, Κατατεμαχισμοί (Hashes).
• Υπορουτίνες.
• Συμφωνία προτύπων (Regular expressions).
3η ενότητα
• Εισαγωγή στην γλώσσα προγραμματισμού R (i).
• Εισαγωγή στην γλώσσα προγραμματισμού R (ii).
