Αναζήτηση μακρινών ομοιοτήτων και στοίχιση προφίλ-προφίλ
Στην ενότητα αυτή παρουσιάζονται οι βασικές κατηγορίες μεθόδων αναζήτησης μακρινών ομολόγων και στοίχισης προφίλ-προφίλ. Οι μεθοδολογίες αυτές χρησιμοποιούνται για τον εντοπισμό ομολόγων με μικρή ομοιότητα (<30%) και είναι απαραίτητες για τον χαρακτηρισμό νέων αλληλουχιών αλλά και στις μεθόδους πρόγνωσης δομής. Η ενότητα περιλαμβάνει τις κλασικές μεθόδους (PSI-BLAST, HMMER κλπ), τις μεθόδους στοίχισης προφίλ (FFAS, PROF_SIM κλ), τις πιο εξεζητημένες μεθόδους στοίχισης ΗΜΜ-ΗΜΜ (HHsearch κ.α.) αλλά και κάποιες προσεγγιστικές ευριστικές μεθοδολογίες.
