Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής

Στατιστικές μέθοδοι ανάλυσης ακολουθιών, το μοντέλο ανεξαρτησίας και τα μαρκοβιανά μοντέλα για την περιγραφή βιολογικών ακολουθιών. Μέθοδοι εύρεσης ομοιοτήτων σε ακολουθίες, ομολογία και ομοιότητα ακολουθιών και η σημασία τους, αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού, ολική στοίχιση, τοπική στοίχιση, υπολογισμός της στατιστικής σημαντικότητας της στοίχισης, πίνακες ομοιότητας και η σημασία τους, ποινές για τα κενά, ευριστικές μέθοδοι για αναζήτηση ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων. Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών, πολυδιάστατοι αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού, ευριστικές μέθοδοι πολλαπλής στοίχισης ακολουθιών, αξιολόγηση μεθόδων πολλαπλής στοίχισης, φυλογενετικά δένδρα και πολλαπλές στοιχίσεις. Hidden Markov Models στη Βιοπληροφορική, εύρεση πιθανοφάνειας, αποκωδικοποίηση, εκτίμηση παραμέτρων, ειδικές τροποποιήσεις του Hidden Markov Model για βιολογικά δεδομένα. Υπολογιστικές Γραμματικές. Αλγόριθμοι πρόγνωσης στηριζόμενοι στην ακολουθία πρωτεϊνών και DNA, κωδικοποίηση αλληλουχιών, πρόγνωση δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνών και , πρόγνωση διαμεμβρανικών τμημάτων πρωτεϊνών και προσανατολισμού τους, εύρεση πιθανών γονιδίων σε ακολουθίες DNA, πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών με χρήση Hidden Markov Models, κατάταξη ακολουθιών σε οικογένειες. Δομική Βιοιπληροφορική. Στοίχιση και υπέρθεση δομών. Προτυποποίηση με βάση την ομολογία. Ύφανση. Πρόγνωση τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών. Αγκυροβόληση.Ανάλυση γονιδιωμάτων και συγκριτική γονιδιωματική, δομική γονιδιωματική, λειτουργική γονιδιωματική. Δεδομένα γονιδιακής έκφρασης από μικροσυστοιχίες DNA. Μέθοδοι ανάλυσης και μετα-αναλυσης γονιδιακών δεδομένων. Έλεγχοι μέσων τιμών. Το πρόβλημα των πολλαπλών ελέγχων και η αντιμετώπισή του. Ομαδοποίηση δεδομένων γονδιακής έκφρασης. Next generation sequencing, RNAseq.